模块化洁净室（无尘室）、洁净室工程在施工时要考虑到各个方面，包括结构装修系统、电气系统、管道系统，和空调通风系统。其中一点是，模块化洁净室（无尘室）要保持高洁净度的空气，除了要使用过滤器外，还要保持室内的微正压环境，来控制污染空气的流向。
我们都知道，气体的流动方向是从高压流向低压。所谓微正压，是指模块化洁净室（无尘室）中的压力要略高于外界的大气压。新风系统、风机滤网机组FFU是强制送风的，这样导致了模块化洁净室（无尘室）内的微正压环境。
空气在新风系统、风机滤网机组经过滤，变成高洁净的气流，气流从顶部排出，根据洁净等级的不同，从底部的高架地板，或者侧面风口排出。模块化洁净室（无尘室）在施工时，要充分考虑到这一点。
此外，模块化洁净室（无尘室）的重要通道风淋室、货淋室接触外界是非常频繁的，风淋室和货淋室同样是有风机滤网机组FFU来保持微正压环境。它一般采取两道门电子互锁，开关门过程中，门缝中空气只能外溢而不是流入，这样就不会造成洁净室的污染。
模块化洁净室（无尘室）内可配备压差传感器来监控。模块化洁净室、风淋室、货淋室的微正压很小，对人基本没有影响，人体的适应能力可以很好的调节过来。
而负压，一般是指强制排风，用于厨房、油烟和厕所环境换气，室外环境压力大，新鲜洁净的空气从室外流向室内。简言之，正压送风，负压抽风。
模块化洁净室系统开机时先气动送风机，再启动回风机和排风机；系统关闭时，先关闭排风机，再关闭回风机和送风机，以防止洁净室在系统开启和关闭时受到污染。
模块化洁净室（无尘室）内的压力过高，造成门扇不易开关，还可以使用泄压风门来保持微正压。通过泄压风门的风量一般在100-1200㎡/h之间，维持压差在5-40pa之间。
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