洁净技术在近20年发展迅速，各种规模、不同等级的无尘室在电子、精密机械、航天、医疗、食品、化妆品、生物制药等行业发挥着日益重要的作用，为提高产品质量、开发高新产品做出了重要贡献。无尘室如果设计是正确、合理的，施工建造是高质量的，但在运行维护管理中不科学、不严格、必将使模块化洁净室的空气洁净度逐渐下降，造成实际生产环境中的多项指标偏离规定要求，从而产品质量下降，甚至不合格。
模块化洁净室人员管理，制定专职管理人员的职责、模块化洁净室人员的准入制度、人员培训教育规定、进入模块化洁净室人员的“人净程序”管理。物流管理，物料进入、各类设备进入，以及相关设备、管线的维护管理，应做到不得将微粒、微生物带入室内。
洁净度管理，包括洁净服采购和制作、洁净服使用管理、洁净服的清洗规定等。清扫、灭菌管理，对于无尘室内的各种设备和设施的清扫灭菌方法，周期和检查作明确的规定，防止、消除无尘室内尘粒、微生物的产生、滞留及繁殖。严格各类设备、设施的维护管理，制定相应的操作规程，保证各类设备、设施按要求正常运转，包括净化空调系统、各类水电系统、生产工艺设备和器具等，以确保产品生产工艺要求和空气洁净度级别。
监控模块化洁净室在使用过程中正常的运行和维护，应对室内的运行状况及相关设施进行定期检查。如:在规定的时间、地点，用粒子计数器测定控制粒径的微粒数；在规定时间、地点测定沉降菌落数或浮游菌数等；温湿度方面，在规定的时间、地点测定和核对连续测定记录；测量净化空调系统的过滤器的压差，检查空气过滤器是否堵塞、安装的密封垫是否完好或过滤器损坏引起的泄露情况，使用风速计检查局部排风装置的风量；使用噪声测定仪在规定的时间、地点测定噪声值；检查送风机轴承、送风机的运行状态、尘埃和污物，以及送、回风管道内部和送风口的腐蚀及污垢等情况；模块化洁净室内是否保值清洁、顶棚和墙面是否有裂缝或腐蚀；涂敷状态、机械和设备类有没有异常现象等，必须逐个列表检查，不能遗漏任何一项；使用照度表在规定的时间、地点测定照度值；使用压差表测定模块化洁净室内外的静压差。
