如今，各精密化零件产品及食品加工等过程，越来越注重生产环境的洁净等级，需尽可能防止空气中微粒与微生物污染及交叉污染，而模块化洁净室便是为了满足高洁净度生产环境而产生的可控室内环境，其稳定运行更是企业洁净生产的重要保障。
众所周知，正确、合理的设计是保证模块化洁净室运行稳定的前提，但倘若不重视运行维护或不科学操作，会导致模块化洁净室的空气洁净度逐渐下降，造成实际生产环境中的多项指标偏离规定要求，从而使得产品质量下降，甚至出现不合格不达标的情况。因此，正确、科学的维护洁净室非常重要。那么，在维护模块化洁净室的过程中需要注意哪些方面呢？
其一，人员污染是主要污染源，工作人员在洁净环境中的活动，会明显地增加洁净环境的污染程度。因此，企业应当制定洁净室人员的准入制度，进入洁净室需经过风淋室吹淋，去除一定尘埃粒子方可进入室内。
其二，洁净室中的设施，例如地面、墙面、天花板等，都在扩散着粒子。因此当物料进入、各类设备进入，以及相关设备、管线的维护管理，应做到不得将微粒、微生物带入室内。货物及物件进入模块化洁净室，也应当去包处理，同时经过货淋室吹淋或采用传递穿进行物件传递。
其三，工作人员进入模块化洁净室需要穿洁净服，服装的材料、使用、清洗等问题都需要加以重视。企业应做好洁净服的管理工作，包括洁净服采购和制作、洁净服使用管理、洁净服的清洗规定等方面。
其四，各类设备设施的安全运行是保证洁净室安全的前提，应当制定相应的操作规程，保证各类设备、设施按要求正常运转，包括净化空调系统、各类水电系统、生产工艺设备和器具等，以确保产品生产工艺要求和空气洁净度级别。
另外，企业应对模块化洁净室进行定期维护检查工作。例如，在规定的时间、地点，用粒子计数器测定控制粒径的微粒数；在规定时间、地点测定沉降菌落数或浮游菌数等；温湿度方面，在规定的时间、地点测定和核对连续测定记录。
