模块化洁净室里的污染源不仅威胁到实验的准确性，更有可能破坏产品的质量和安全。因此，洁净室通过严格的空气过滤系统、精细的人员管理、以及周密的清洁程序来控制污染。
在模块化洁净室里，主要的污染源通常包括微小却不容忽视的颗粒物。它们可能是人员流动带入的尘埃、衣物纤维，也可能是机械设备运行产生的磨损碎屑。此外，化学气体和微生物也是潜在的污染元凶。化学气体可能来源于实验室使用的试剂或清洁剂，而微生物则往往附着于人体或设备表面，一旦条件适宜便迅速繁殖。
模块化洁净室的这些污染源中，各类操作人员、巡查人员所产生的污染占有很大比重。人体在新陈代谢过程中，会产生大量的化学物质，根据有关资料介绍可达500多种。其中呼吸道排出140多种，如CO等；人体皮肤代谢作用，包括毛发、指甲、皮脂腺等，排泄的废物达270种以上，排出汁液150多种，包括CO、丙酮等。
即使是现代高科技模块化洁净室中许多产品生产工序已在密封状态下进行制造，人员带来的污染程度降低，但是在药品、保健品、化妆品、食品、精 密机械等产品生产中人员污染所占的比例仍然是主要的。人体以液体形式含有高浓度的钠（如在唾液、眼泪、汗液中），钠分子污染在硅片加工中应严格控制。如果人员违规涂抹化妆品、香水和护发用品及在洁净室(区)或邻近处吸烟、吃食品或药物，将带来严重的分子污染，所以越是要求严格的高科技产品生产过程，越应通过严格的规章制度对进入模块化洁净室(区)的各类人员进行分子污染源的控制。
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