建有洁净室（洁净车间）的食品工厂厂区内的建筑物位置应满足食品生产工艺的需要，在生产区中应明确区分洁净生产区和一般生产区。一般生产区应包括仓储用房、非洁净生产用房、外包装用房等。
有卫生生产环境要求的洁净车间（洁净室），应该包括易腐性食品（如肉鱼蛋水果蔬菜等）、即食半成品（如预制菜）或成品的最后冷却或包装前的存放、前处理场所；不能最终灭菌的原料前处理、产品灌封、成型场所，产品最终灭菌后的暴露环境；内包装材料准备室和内包装室以及为食品生产、改进食品特性或保存性的加工处理场所和检验室等。
洁净车间（洁净室）应该按照生产流程以及相应的洁净室等级（如百级、万级、十万级等）要求合理布局。生产线的布置应该顺畅连续，不能形成不必要的往返交叉。
生产区内有相互联系的不同等级洁净用房之间应按照品种和工艺的需要设置缓冲室、空气吹淋室等防止交叉污染的措施，当设置缓冲室时，其面积不应小于 3㎡。
原料前处理不宜与成品生产使用同一洁净区域，当生产工艺有特殊要求时，应根据工艺要求确定。
在不能最终灭菌食品的生产、检验、包装车间以及易腐败的即食性成品车间的入口处，必须设置独立隔间的手消毒室。
生产车间内还应该划分出与生产规模相适应的面积和空间作为物料、中间产品、待验品、成品和洁具的暂存区，并应严防交叉、混淆和污染。
当生产确需将危险品放在车间内时，危险品应单独存放于专用场所。
检验室宜独立设置，对其排气和排水应有相应处理措施。对样本的检验过程有空气洁净要求时，应设洁净工作台。
宜设置与生产规模、品种、人员素质等相适应的清洗、消毒(包括雾化消毒)、灭菌的污染控制综合设施。
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