设计是医药洁净室建设中的一个重要环节，合理的设计可以减少人员、货物的运动，不会造成交叉污染。那么，医药洁净室的设计都有哪些要求呢？
首先，医药洁净室的建筑平面和空间布局，均应该按照医药工艺的生产要求来确定，同时也可以进行适当的灵活运用。一般情况下，主体结构适合采用框架结构体系，选用合理柱网，不适合采用砌体结构体系。
其次，医药洁净室主体结构的耐久性应该和室内的装备、装修水平相适应，并应该具有一定的耐火、抵抗温度变形及不均匀沉降的性能。建筑变形缝不适宜穿越医药洁净室；但是当特殊情况下，必须穿越时，这时应该采取措施来保证洁净室的气密性。当洁净度等级为A级、B级、C级时，变形缝不应穿越洁净室。
第三，医药洁净室建筑围护结构的材料应该可以满足保温、隔热、耐火、防潮等要求。
第四，医药洁净室应该设置技术夹层或者技术夹道。当穿越楼层的竖向管线需要进行暗敷时，应该同时设置技术竖井。技术夹层、夹道以及竖井的形式、尺寸以及构造，都应该满足风管、动力管线、工艺管道及辅助设备的安装、检修以及防火要求。
第五，医药洁净室内的通道宽度应该可以满足物流运输、设备搬运以及人员疏散的需求，此外物流通道还应该设置防撞构件。
第六，当医药厂房同时包含一般生产区和洁净生产区时，它的整体平面布局、构造处理应该做到避免一般生产区可能对洁净生产区产生的不利影响。
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