工业洁净室只需要控制灰尘即可，但是生物类洁净室需要控制包括细菌和菌类在内的微生物。微生物是生物类洁净室控制的一个重要参数，包括医药、医疗、动物房、食品、化妆品等行业都需要控制。那么该如何避免微生物进入洁净室呢？
首先，微生物不仅可在空气中生存，而且在水中、土壤、植物和动物的体表和体内都可以生长，可以说在自然环境中无所不在。微生物的主要特点之一是具有生产、繁殖及延续生物学全过程的能力，制药条件适宜，就会通过细胞分裂繁殖生长，这时与空气中其他粒状污染物根本不同的特性。微生物具有极强的繁殖能力，且生存能力极强。生物类实验室内的微生物，如果条件适宜大量繁殖后，就会破坏药品、食品、化妆品等产品的性能，对使用者的健康造成很大的影响。
其次，微生物的气溶胶粒径范围，大约在2.0-30微米之间。病毒属于已知的较小的微生物，尺寸在0.005-0.8之间。属于超微生物。空气中的微生物大多附着在尘粒上，因此空气中含尘的浓度低，含菌浓度必然较低。因此生物类洁净室同工业洁净室一样，也需要控制空气中的尘粒浓度，即洁净度等级，通过初效、高效过滤器、温湿度控制、风淋室、货淋室、人员及物品进出管理等方法控制尘粒的引入、滞留等。
此外，不同洁净等级的生物类洁净室内，还会采用浮游菌、沉降菌两种微生物检测方法。浮游菌检测主要用于快速评估空气中悬浮的微生物污染程度，而沉降菌检测用于深入了解空气中微生物的种类和数量。
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