无菌车间和无尘车间（洁净室）是生物洁净室、工业洁净室在实际生产中的通俗叫法，两者是在制药、食品加工和电子等行业中常见的两种洁净生产环境。虽然名称听起来差别很大，具体的设计要求也有所不同，但实际上两者还是有一定的联系的。
20世纪60年代美国工业洁净室进入广泛应用其，人们通过测试发现，在工业洁净室空气中的微生物浓度同尘埃粒子浓度一样远远低于洁净室外空气中的含量，于是人们便开始尝试用工业洁净室进行哪些要求无菌环境的实验。榆次同时，人们对尘菌共存的机理进行研究后确认，空气中细菌一般以群体存在，而且是附着在尘埃粒子上，这不仅是因为空气中的细菌主要来自土壤或人和动物机体，并随着尘粒、水滴及皮屑、毛发等传播。空气中的尘埃粒子越多，细菌与尘粒接触并附着的机会越多，传播的机会也会增加。通过研究还确认了病毒也同样附着于尘粒，并借助尘粒作为生存和传播的媒介。因此，在对空气中尘粒进行控制的同时，也必将使附着在尘粒上的微生物得到控制。
有了这些研究和实测依据，从20世纪70年代初开始，美国等技术先进的便大规模的把以控制空气中尘粒为目的的工业洁净室技术引入到防止以空气为媒介的微生物污染领域，诞生了现代的生物洁净室。目前这一技术在制药工业、化妆品工业、食品工业、和医药部门的手术室等得到了广泛的应用。
所以说，无菌车间和无尘车间是具有相似之处的，就是都要控制灰尘颗粒，根据不同规格的灰尘划定洁净等级。但是无菌车间还要对微生物进行监测，且一般使用紫外线杀菌灯等无菌设备，更加的严格。
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