模块化洁净室要获得良好的清洁效果，不仅要注重合理的空调净化措施，而且还要对工艺、施工等专业采取相应的措施，不仅要有合理的设计，还要规范的施工安装，以及正确使用模块化洁净室和科学的维护管理措施。
一、送风洁净度
要保证供气洁净度达到要求，关键是净化系统末级高效过滤器的性能和安装。
模块化洁净室净化系统的末端过滤器通常采用高效过滤器。一般来说，过滤器的效率越高，它就越昂贵。因此，在过滤器的选择上，既要满足室内洁净度的要求，又要考虑经济合理。为了保证洁净空气供应的持续性，仅仅有合格的过滤器是不够的。安装时严密严格也是所需之一，要坚持对施工安装人员进行培训，不仅要会安装净化系统，而且要有熟练的安装技巧，否则很难保证不损坏过滤器。
二、气流结构
模块化洁净室的气流结构不同于空调房间的气流结构。它要求最干净的空气首先送到操作部件。因此，在设计气流组织时应考虑这些原则：尽量减少涡流，避免工作区以外的污染进入工作区；通过防止粉尘二次飞扬，更大限度地减少粉尘对工件的污染；工作区的气流应尽量均匀，风速应要满足技术和卫生要求。当气流向回风口流动时，空气中的灰尘能被有效地带走。根据不同的洁净度要求，选择不同的送风方式和回风方式。
三、静压差
模块化洁净室维持一定的正压是保证洁净室不受或少受污染、以维持设计洁净度等级必不可少地条件之一。即便是负压模块化洁净室，它也必须有不低于它洁净度级别地相邻房间或套间维持一定地正压，负压模块化洁净室的洁净度才能得以维持。
洁净室正压值是指门窗全部关闭状态下，室内静压大于室外静压的数值。它是通过净化系统送风量大于回风量和排风量的方法来达到。为了保证洁净室正压值，送风、回风和排风机更好联锁，系统开启时先启动送风机，再启动回风机和排风机;系统关闭时先关排风机，再关回风机和送风机，以防止洁净室在系统开启和关闭时受到污染。
